Вазген Манукян родился 13 февраля 1946 года в семье Манукянов, переселившейся в годы Геноцида армян из Мокса в Ереван. Отец — Микаел Манукович Манукян был доктором физико-математических наук, профессором Ереванского госуниверситета. Мать — Астхик Амаяковна Акопян родилась в Гюмри, окончила факультет физико-математических наук Ереванского государствнного универистета.

Вазген Манукян экстерном закончил ереванскую школу им А.П.Чехова. В 1963-1968 гг. учился в Ереванском государственном университете, в 1966-1967 гг. – в Московском государственном университете, в 1967-1972 гг. был аспирантом Новосибирского отделения Академии наук СССР. Кандидат физико-математических наук, доцент, автор ряданаучных статей. В 1972-1990 гг. преподавал  «Методы оптимизации» и «Математический ана́лиз» нафакультете прикладной математики ЕГУ.

Вазген Манукян политическую деятельность начал в студенческие годы. До 1988 г.  был членом и организатором различных политических структур, объединяя армянскую интеллигенцию, и не случайно то, что он стоял  у истоков карабахского движения.

С февраля 1988 г. – член Комитета «Карабах», с июня того же года – координатор Комитета «Карабах».10 декабря 1988 г. вместе с другими членами Комитета был арестован и провел 6 месяцев в московской тюрьме «Матросская Тишина».

Был соучередителем и первым председателем правления партии « Армянское общенациональное движение» (АОД).  В 1990-1995 гг. был избран депутатом Верховного Совета Армении, в 1995-2007гг. —  депутатом Национального собрания (НС) Армении.

13 августа 1990 года Верховным Советом был назначен Председателем Совета Министров Республики Армения  — главой правительства.Вазген Манукян стал первым премьер-министром третьей Республики Армения. Это был тяжелый период: быстрыми темпами шел развал СССР, началась политическая и экономическая блокада Армении с северного направления. С одной стороны, нужны были усилия для замедления темпов распада, с другой — требовался быстрый переход к новой экономической системе. Правительство, в руках которого находилась вся исполнительная власть (согласно Конституции, поста президента не было, исполнительная власть целиком была возложена парламентом на правительство), успешно справлялось с этой сложной задачей, установив основанные на доверии политические отношения как с советскими республиками, так и другими странами. Возглавляемое Вазгеном Манукяном правительство начало ряд системных реформ, которые заложили серьезную основу для дальнейшего развития страны.

25 сентября 1991 г., Вазген Манукян, имея сильные разногласия с элитой АОД, подал в отставку с поста премьер-министра.В 1991г., вместе с единомышленниками и другими активными участниками Карабахского движения основал партию «Национально-демократический союз» (НДС).

В сентябре 1992 г. был назначен госминистром, затем и.о. министра обороны, одновременно возглавляя промышленный комплекс РА.  В период пребывания Вазгена Манукяна на посту министра обороны была сформирована регулярная Армянская армия, внесен перелом в ход военных действий. В августе 1993г., когда армянская сторона одерживала одну за другой победы на поле боя, он был освобожден от должности.

В 1995 году Вазген Манукян был избран депутатом Национального собрания РА от 20-го избирательного участка.

В 1996 г. Вазген Манукяан, став единым кандидатом общенационального согласия на президентских выборах РА,  завоевал вотум доверия населения, но администрация Левона Тер-Петросяна с помощью фальсификаций и силы удержала власть в своих руках.

В 1999-2003 гг.- депутат Национального собрания Армении (по пропорциональному списку НДС). Член постоянной комиссии НС по государственно-правовым вопросам. Лидер фракции НДС, затем член фракции.

25 мая 2003 г. избран депутатом НС по пропорциональному списку блока «Справедливость». Член постоянной комиссии НС по науке, образованию, культуре и молодежи. Член фракции «Справедливость».

Не участвовал в парламентских выборах 2007 года.

В 2009-2019 — председатель Общественного совета Армении.

В 2019 году  основал общественный политический клуб «Вернатун».

Причины и ход Второй Карабахской войны в период 27 сентября — 9 ноября 2020 года, а затем подписание 9 ноября премьер-министром Армении, президентом России и президентом Азербайджана трёхсторонного заявления вызвало волну протестов в армянском обществе с требованием отставки Никола Пашиняна.

Парламентские и внепарламентские силы сформировали «Движение спасения Родины», которое 3 декабря выдвинуло Вазгена Манукяна в качестве единого кандидата на пост главы переходного правительства.

Награды

Вазген Манукян награжден орденом «Тигран Великий», орденом Арцаха «Месроп Маштоц».

Женат, имеет трех дочерей.